Dzieje naszej szkoły sięgają roku 1984, kiedy to z inicjatywy pani Haliny Marciniak zostały utworzone przy Szkole Podstawowej nr 36 w Radomiu pierwsze trzy klasy dla dzieci niedosłyszących. Był to początek integracji, bowiem przez wiele lat dzieci te z województwa radomskiego uczyły się tylko w szkołach dla niedosłyszących. Obowiązujące wcześniej przepisy oświatowe nie dawały możliwości wspólnej nauki dzieciom słyszącym i tym z wadą słuchu w obrębie jednej klasy.
Co roku przybywało oddziałów i dzieci uczących się w nich. W 1989 roku było już 7 oddziałów, a w nich 47 dzieci.
W październiku 1990 roku pani Halina Marciniak została wicedyrektorem Szkoły Podstawowej nr 36 do spraw dzieci niedosłyszących. W tym samym roku, 29 listopada powstaje Stowarzyszenie Pomocy Dzieciom Niedosłyszącym „VERBA”, którego podstawowym celem jest udzielanie wszechstronnej pomocy dzieciom niedosłyszącym i ich rodzicom oraz integracja z dziećmi zdrowymi. Efektem działalności „VERBY” jest powstanie pierwszej w regionie radomskim szkoły integracyjnej. Utworzenie jej poprzedzone było długim poszukiwaniem obiektu, którym ostatecznie okazał się budynek hotelu Miejskiego Przedsiębiorstwa Komunikacji.
1 lipca 1993 roku Rada Miejska miasta Radomia podejmuje uchwałę o powołaniu Publicznej Szkoły Podstawowej nr 41 w Radomiu.
15 października 1993 roku nastąpiło oficjalne otwarcie szkoły. Naukę rozpoczęło w 9 oddziałach 77 dzieci, wśród nich 55 niepełnosprawnych. W następnych latach szkoła rozrasta się. W nowo zaadaptowanych budynkach powstaje sala gimnastyczna, stołówka, świetlica, nowe sale dydaktyczne oraz pracownia komputerowa. W celu łatwiejszej komunikacji między budynkami w listopadzie 1996 roku zostały wybudowane łączniki, a dla dzieci mających problemy z poruszaniem się uruchomiono windę.
W roku szkolnym 1997/98 w naszej szkole było już 26 oddziałów, w tym 24 w pełni integracyjne (ogółem – 488 dzieci, niepełnosprawnych – 120 oraz ponad 90 osób personelu).
Rok 1998 był dla nas wszystkich bardzo ważny. W 20 rocznicę pontyfikatu Papieża Jana Pawła II, 16 października odbyła się uroczystość nadania imienia szkole. Tego dnia Papież Jan Paweł II został naszym patronem, wzorem do naśladowania.
W roku szkolnym 1999/2000 weszła w życie reforma oświaty przynosząc zmiany również dla naszej szkoły. Powstał Zespół Szkół Integracyjnych im. Jana Pawła II w Radomiu, a w nim pierwsze klasy gimnazjalne. Zmienił się także system oceniania, zamiast ocen cyfrowych wprowadzono punkty.
Rok szkolny 2000/2001 to po kilku latach przerwy kolejny okres wielkiej budowy. Szybko rośnie wymarzony przez wszystkich, szczególnie gimnazjalistów, budynek gimnazjum.
W dniu 10 października 2001 roku odbyło się uroczyste otwarcie nowego, pięknego budynku gimnazjalnego. Od tego momentu edukacja dzieci niepełnosprawnych w naszej szkole może trwać aż 10 lat.
18 października ksiądz biskup Edward Materski dokonał poświęcenia popiersia Papieża, które zostało umieszczone w górnym holu gimnazjum.
W roku szkolnym 2001/2002 pierwsi absolwenci opuścili mury naszego gimnazjum.